显微病理PACS系统由服务器、登记工作站、取材工作站、之片工作站、诊断报告工作站、主任工作站、浏览工作站、档案管理工作站等组成。
1.服务器
服务器是显微病理PACS系统的核心单元，对全系统进行控制，存储各显微镜输出影像设备的图像文件、登记台输入的登记信息、医生诊断信息。根据需要为网络中的用户设置各种权限，分配系统设置、病例登记、书写报告、修改报告、审核及取消审核等权限。
2、登记工作站
可按病例库进行分库登记，如组织学（常规）、细胞学、液基细胞、外院送检、肾穿刺、分子病理、移植等，用户也可以自定义病例库。
信息录入界面提供常规和用户自定义两种方式。
本地申请单录入，录入过程采用提示选取、拼音代码、数字代码等快速输入方式。
连接HIS，接收临床发送的电子申请单。
通过条码扫描或直接录入病人相关编号从HIS中提取信息。
产生病理号及病理号条码。
病理号按当前病例库的编号规则自动升位，也可手工调整。
登记时出现病理号重号系统会自动提示。
标本签收。
记录不合格标本及不合格原因。
系统自动检索当前病人的历次检查记录。
可打印门诊病人回执单、原始申请单底单等。
3、取材工作站
通过色标自动提示已登记未取材的病例记录或是有补取医嘱的病例记录。
可通过条码枪扫描标本容器（袋）上的病理号条码自动提取相应记录。
取材明细表记录任务来源、取材序号、取材部位、材块数、取材时间、取材医生和记录人员等信息。
系统自动计算蜡块数和材块数。
提供“标本处理”记录，包括“常规保留”、“长久保留”、“教学标本”、“科研标本”、“全埋”、“脱钙”、“已用完”、“销毁”等内容，也可输入剩余标本的存放位置。
向诊断工作站提供病例的取材明细、状态及取材医生的信息。
采集大体标本图像，进行大体组织描述。
大体图像的标注、测量。
提供切片工作表打印功能。
提供工作移交或医嘱需要的在线式留言功能。
4、制片工作站
自动接收取材室发送过来的所有待包埋的材块信息，供技术员在包埋时进行核对和确认。
自动接收所有待切片的包埋记录。
自动接收诊断室下达的重切、深切、组化、特殊染色、分子病理、电镜检查等的医嘱记录。
系统按照切片要求自动生成切片条码标签，用户可以进行手工编辑。
批量打印切片条码标签。
切片完成后，通过条码扫描进行切片确认。
提供工作移交或医嘱需要的在线式留言功能。
诊断、报告工作站
自动提示打开病例的状态信息以及历次检查的情况。
采集显微图像、输入光镜所见。
书写诊断报告、打印或向临床发送确诊报告。
提供医生诊断模式，上级医生可对病理诊断进行复查、书写修改意见并单独保存供原报告医生查看。
向取材和制片站点分别发送补取、重切、深切、特检等医嘱申请,可查看内部医嘱的执行情况。
可发出科内会诊申请，系统在“会诊病例”列表自动进行提示，其他医生进入系统后可快速打开这些会诊病例并书写自己的会诊意见。
提供组化报告，可对组化切片进行评级。
可对疑难或特殊病例进行追踪管理，系统在“随访病例”列表自动进行提示。
可对感兴趣的病例进行收藏管理，在列表 “我的收藏记录”中可检索这些记录。
提供批量打印、批量审核、批量发送等批处理功能。
系统对审核后的记录自动进行锁定，需修改时，需要输入审核医生和每天自动变换的系统随机口令才能进行修改。
对记录的修改与删除操作，系统通过日志表功能自动记忆修改前的内容，确保数据准确。
系统根据登录用户身份可检索“我的报告”、“我的未审核报告”、“我的未打印报告”、“我的收藏记录” 等信息。
提供报告的标准常用词、模板与范本词库。
提供工作移交或医嘱需要的在线式留言功能。
提供相同报告复写功能。
提供病历导入、导出、转存与远程发送功能。
5、主任工作站
科室管理、报告审核、会诊读片、查询统计
6、浏览工作站
会诊、读片、查询、浏览病理报告及图像信息。
7、档案管理工作站
蜡块、切片、资料归档及借还片管理